Türkiye Büyük Millet Meclisi’nce 10 Haziran 1933 tarihinde kabul edilen ve 20 Haziran 1933 tarihinde yayınlanan 2291 sayılı kanun ile Ankara Yüksek Ziraat Enstitüsü (YZE) kurulmuş ve YZE’nin 4 fakültesinden biri olan Ziraat Fakültesi’nin içinde “Zootekni Enstitüsü” yerini almıştır.
YZE ilk kurulduğu dönemde eğitim ve öğretim çalışmalarını Alman bilim adamlarının katkılarıyla gerçekleştirmiştir. Bu dönemde Zootekni Enstitüsü Müdürlüğü’nü (1933’ten 1939’a kadar) Prof. Dr. Walter Spöttel yapmıştır. Zootekni Enstitüsü’nde Alman öğretim üyeleri ile birlikte görev yapan ilk Türk öğretim üyeleri; Kadri Bilgemre, Selahattin Batu, İbrahim Yarkın, İsfandiyar Esad-Kadaster, Sedat Kansu, Şükrü Bulgurlu, Orhan Düzgüneş, Macit Eker, Cemalettin Akpınar, Rezan Şahinkaya, Reşit Sönmez ve Kemal Bıyıkoğlu’dur. Alman öğretim üyelerinin 1938 yılından itibaren Türkiye’den ayrılmasıyla Zootekni Enstitüsü akademik kadrosu tamamen Türk öğretim üyelerinden oluşmuştur.

Türkiye Büyük Millet Meclisi’nce 30 Haziran 1948 tarihinde kabul edilen 5234 sayılı “Üniversiteler Kanunu’na ek kanun” ile YZE kapatılmış ve bu tarihe kadar YZE bünyesinde bulunan Ziraat Fakültesi, Ankara Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

13.10.1953 tarih ve 8532 sayılı öğretim ve imtihan yönetmeliği ile A.Ü. Ziraat Fakültesi’nde bölüm sistemine geçilmiş ve Zootekni Enstitüsünün adı “Hayvan Yetiştirme ve Islahı” (HYI) olarak değiştirilmiştir. HYI Bölümü; Zootekni Kürsüsü, Küçük Evcil Hayvanlar Yetiştirme ve Islahı Kürsüsü, Besin Maddeleri ve Hayvan Besleme Kürsüsü ve Su Ürünleri Kürsüsü’nden oluşmuştur.

6 Kasım 1981 tarihli 2547 sayılı “Yüksek Öğretim Kanunu” ile HYI Bölümü’nün adı Zootekni Bölümü olmuştur. O tarihten günümüze A. Ü. Z. F. Zootekni Bölümü üç ana bilim dalı (Hayvan Yetiştirme ve Islahı, Yemler ve Hayvan Besleme ve Biyometri-Genetik Anabilim Dalı) ile görevini sürdürmektedir.